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Die Universität Basel wurde im Jahr 1460 gegründet und ist damit die älteste Hochschule der Schweiz. Sie beherbergt die bedeutendste Bibliothek des Landes. Die universitären Einrichtungen sind über die Innenstadt verteilt. Das Kollegiengebäude aus dem Jahr 1939 mit mehreren Hörsälen und einer Aula für 500 Personen sowie Arbeits- und Verwaltungsbüros liegt auf der Südseite des Petersplatzes.
Die Universität Basel wurde im Zusammenhang mit dem Basler Konzil gegründet. Die Stiftungsurkunde in Form einer päpstlichen Bulle von Papst Pius II. stammt vom 12. November 1459, die offizielle Eröffnungsfeier fand am 4. April 1460 statt. Ursprünglich verfügte die Universität Basel über vier Fakultäten und zwar jene der Artisten, eine medizinische, eine theologische und eine juristische. Die Artistenfakultät (artes liberales) diente dabei bis 1818 als Grundlage für die drei anderen Studienfächer. Ursprünglich lagen sämtliche Hörsäle der Universität am Rheinsprung.
Im Laufe der Jahrhunderte kamen grosse Gelehrte in die Stadt, was Basel zu einem Zentrum der früheren Buchdruckerkunst und des Humanismus machte. Etwa zur gleichen Zeit wie die Universität wurde auch die Universitätsbibliothek gegründet, die heute mit über 3 Millionen Büchern und Schriften eine der grössten Bibliotheken der Schweiz ist.
Mit der wachsenden Bedeutung der Naturwissenschaften wurden in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts mehrere neue Fächer geschaffen. Das weltweit bekannte Biozentrum kam 1971 dazu. Die Zusammenlegung der wirtschaftswissenschaftlichen Fächer führte 1988 zur Bildung des Wirtschaftswissenschaftlichen Zentrums (WWZ). Diese befindet sich heute am Petersgraben.
Der Bologna-Prozess führt seit 1999 zu einer zunehmenden Verschulung der universitären Ausbildung und zu einer Abnahme des Interesses an interdisziplinärer Zusammenarbeit. Besonders stark macht sich dies in der Juristischen Fakultät bemerkbar. So wurde jüngst die Nähe zum Kollegienhaus und zur Universitätsbibliothek bei der Suche nach einem neuen Gebäude für die Juristische Fakultät nicht mehr als Vorteil angesehen und mit dem Jacob Burckhardt-Haus am Bahnhof ein Ort gewählt, der von den übrigen Fakultäten wie von den allgemeinen Universitätseinrichtungen weit entfernt liegt. Zwischen einem vierspurigen Autobahnzubringer mit über 35.000 Fahrzeugen täglich und der zwölfgleisigen Bahntrasse zum Bahnhof SBB sind nun die Juristen ganz unter sich und verstörenden Einflüssen anderer Fakultäten entzogen.
Die Universität fällt in den Zuständigkeitsbereich des Halbkantons Basel-Stadt. Seit dem 1. Januar 1996 wurde vertraglich eine wesentlich stärkere Beteiligung des benachbarten Halbkantons Basel-Land festgelegt. Diese war notwendig geworden, da in den 1980er und 1990er Jahren eine Verlagerung der Herkunft der Studierenden vom Stadt zum Landkanton zu verzeichnen war.
Mit dem Inkrafttreten des neuen Universitätsgesetzes 1996 hat die Universität das Recht auf Selbstverwaltung erhalten. Oberstes Entscheidungs- und Aufsichtsorgan der Universität Basel ist der Universitätsrat, dessen stimmberechtigte Mitglieder von beiden Basler Halbkantonen gewählt werden.
Die Universität ist Mitglied der Europäischen Konföderation der Oberrheinischen Universitäten (EUCOR).
Heutzutage beherbergt die Universität Basel sieben Fakultäten und interdisziplinäre Einrichtungen wie zum Beispiel das Institut für Jüdische Studien und das Programm: "Mensch, Gesellschaft, Umwelt" (MGU).
Im Wintersemester 2005/06 zählte die Universität Basel rund 9.750 Studierende und Doktorierende mit etwa 50% Frauenanteil.
Nach einer fast 550-jährigen Geschichte zählt die Universität Basel im Wintersemester 2006/2007 schon über 10.000 Studierende. Der Frauenanteil stieg auf 55% an.
Die Forschung in der Universität Basel konzentriert sich auf die Bereiche: Astronomie, Biodiversität, Erforschung der Demenz und der DNA, Geisteswissenschaften und Nanowissenschaften. Im Fach Ökonomie nimmt die Universität auf europäischer Ebene eine Führungsrolle ein. Die medizinische Forschung wird in Zusammenarbeit mit dem Universitätsspital Basel geleistet.
Eine der berühmtesten Personen, die an der Universität lehrten, war der deutsche Philosoph und Dichter Friedrich Nietzsche (er lehrte in Basel griechische Sprache und Literatur).
An der Universität Basel haben unter anderem gelehrt:
Die Universität Basel kann zwei Nobelpreisträger in Medizin aufweisen und zwar Tadeus Reichstein (1950) und Werner Arber (1978).
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